Era un juego 3D de PS2, en el que un tipo rubio y de rojo (el protagonista) y una especie de gólem de hierro (o de piedra) tenían un objetivo (no recuerdo cuál). También tengo unos flashbacks de que el protagonista tenía uno de los brazos de piedra y lo usaba como espada.
CREO que los jefes eran una serpiente, un ave gigante (y el otro no lo recuerdo, pero creo que era un sapo) y al final del juego los tres jefes se juntaban y se convertían en una baba morada gigante.
Cada jefe estaba en una parte diferente, recuerdo que el jefe ave estaba en lo alto de una prisión, había cuevas, un castillo, una torre que al ir hasta la cima te llevaba al jefe final, que era el monstruo morado, y alcantarillas que llevaban a una serpiente (creo).
por tu descripción parece ser: Fullmetal Alchemist and the Broken Angel